Професор Иван Мърквичка е роден в село Видим при Дуба, Австрийска империя на 23 април 1856 г. Учи в Пражката академия за изобразителни изкуства и в Мюнхенската художествена академия. По покана на Правителството на Източна Румелия през 1881 година идва в България. Назначен е като учител в Пловдив, в гимназията „Св. св. Кирил и Методий“, а по-късно в гимназия „Александър I“. Свързва се с най-изявените културни дейци в града – Иван Вазов, Константин Величков, Петко Каравелов, Петко Р. Славейков. Самият Константин Величков взема уроци по живопис при него. Двамата обсъждат възможностите за откриване на рисувално училище в Пловдив, подготвят законопроект, който да бъде внесен в Областното събрание, но обявяването на Съединението (1885) осуетява идеята. Рисувалното е открито през 1896 г., а Мърквичка става негов първи директор. През 1886 г. урежда първата си самостоятелна изложба; участва и в 2 съвместни изложби с Антон Митов, който също е учител в гимназията. От пловдивския период са част от най-известните му картини: „Пловдивски пазар“ (1883, НХГ), „Сакаджии“ (1887, НХГ), „Циганска веселба“ (1887, НХГ), „Птицепродавец“ (1887, НХГ), „Пазар в Пловдив“ (1888) и др. През 1889 г. се установява в София. Краткотрайното му завръщане в Пловдив след 3 години е свързано с участие в специалната изложба, уредена в Главния павилион на Първото българско земеделско-промишлено изложение (1892); там той се представя с макет на скулптурата „България – покровителка на земеделието и занаятите“, и с 15 картини, сред които и „Улица в Пловдив“. Негов е и официалният плакат на изложението. През 1894 г. Мърквичка илюстрира първото издание на романа „Под игото“ от Иван Вазов. Заедно с археолога и нумизмат Вацлав Добруски са автори на тогавашния герб на България. През 1918 година е избран за дописен член на БАН. Синът му Иван Мърквичка (младши) загива на фронта през Първата световна война като български офицер. През 1921 г. се завръща в Чехословакия. Тук той се фокусира главно върху рисуване на портрети, наред с други и на видни политици. Умира в Прага на 16 май 1938 г.
